En la página de Plesk tienes un artículo técnico que describe detalladamente la forma de cambiar el motor de base de datos al que tú quieras utilizar, lo he hecho sin problemas en alguna ocasión. Lo que sí tendrás que tener instalado es el ActionPack de Plesk para que éste tenga soporte para administrar bases de datos.
Por supuesto puedes utilizar una base de datos distinta para cada instancia de DNN, de cualquier modo 4 GB de datos son muchas muchas muchas filas de registros... tengo una instancia DNN con diez portales y la bd apenas tiene 120 megas en total.