La solución es el sistema que yo utilizo el cual es un poco complejo. Vayamos por partes.
1. Puedes tener la instancia en un servidor y la BD en otro distinto simplimente indicando la ubicación correcta del mismo ya sea por nombre si se encuentra en la misma red o en su caso indicando la IP del servidor de BD seguido de /INSTANCIA_SQL.
2. Al disponer de la consola SQL (Management) puedes indicar dónde deseas almacenar la BD. Por defecto el SQL utiliza sus carpetas MSSQL.1\MSSQL\DATA pero puedes almacenar la BD de cada instancia DNN en su carpeta App_Data de esta forma la limitación de tamaño (Mb.) reside en elalojamiento contratado. Sistema que yo utilizo.
3. Para poder utilizar la consola debes instalar el DNN indicando el servidor SQL Server y NO SQL Server Express, aunque realmente sea un SQL Server Express. Indicas el servidor, BD, usuario y contraseña. Los datos de acceso deben ser los mismos que generan la BD previamente ya que éste será el Owner (Propietario).
4.Para poder utilizar la consola remotamente deberás activar las conexiones remotas ya que en SQL Server Express vienen deshabilitadas por defecto.
5. No se me ocurre nada más. Un dia de estos haré un artículo indicando los pasos exactos.
Otra cosa, la consola del SQL Server Express NO permite programar copias de seguridad sin embargo existen métodos para poder hacer dichascopias deforma automática.
Saludos.