El tema de los menús por debajo es por el valor de z-index, como indica Jose. Algunos skins utilizan objetos propios, normalmente para el menú. Si se utiliza el DDRMenu no hay problemas pero con algunos skins no funciona y hay que utilizar otros. El problema reside en el jQuery.

Contacta con el creador del skin para que intente actualizarlo a DNN 6. No deberían tener problemas!

Saludos.